Arhitekt Jože Plečnik je na povabilo Franca Bajleca pripravil načrt nove cerkve, ki so jo želeli Bogojinčani z župnikom Ivanom Bašo na čelu. V novo arhitekturo je vključil ohranjen del gotske cerkve, tej pa dodal monumentalno prostornino s kamnitim stebrom in ravnim lesenim stropom, ki je okrašen s krožniki domačih lončarjev iz Bogojine in Filovcev. Zunanjščino cerkve poudarja valjast zvonik. Cerkev so zgradili v letih od 1924 do 1927, z notranjo opremo po Plečnikovih načrtih pa je bila dovršena leta 1965. Bogojinska cerkev je edinstvena po svoji arhitekturni zasnovi, v kateri se prepletajo pokrajinska stavbarska tradicija, klasični elementi in izvirne Plečnikove oblike.