Župnija v Pečarovcih je bila ustanovljena leta 1796, medtem ko je cerkev v čast sv. Sebastijanu tu stala že leta 1698. Prvotna cerkev je bila lesena, v bližini sta bila dva lesena stolpa z zvonovi. Leta 1824 je bila cerkev na novo zgrajena in sezidana ter pokrita z opeko. Obnovljena je bila tudi notranjost cerkve. Ponovno večjo prenovo je doživela po letu 1975, ko so obnovili tudi župnišče in gospodarsko poslopje. Leta 1992 so obnovili notranjost cerkve, tudi slike akademskega slikarja Karla Jakoba, narejene 1939. Na fotografijah notranjosti cerkve je še viden originalen napis v latinščini, ki pa je bil v 80. in 90. letih odstranjen. Danes notranjost cerkve krasi napis v slovenskem jeziku.